前作STORY 在遥远的4000年前，邪恶的黑暗种族迪塞安引起了的古代战争。传说的勇者米特斯在圣地卡兰与女神玛蒂尔缔结契约，将迪塞安封印，终结了战争，拯救世界。不过米特斯亦在这个时候，丧失了生命。 时间流逝，被封印的迪塞安再次出现，在西尔瓦蓝特各地带来恐怖。迪塞安支配着人类，并在各地绑架人类，把他们收容在被称为“人类牧场”的生物实验设施。迪塞安除了支配之外，又在榨取玛那使世界的衰亡。喘息的人们期待着“神子”的降临，希望他能拯救世界。 故事的舞台，从邻近玛蒂尔教会圣堂的神讬之村依莎莉亚开始。有一天，罗伊德在学校知道了青梅竹马的少女柯蕾特就是神谕降临，并是世界再生的重要钥匙“玛那血族”的后裔。为了拯救因榨取玛那而正在衰退的西尔瓦蓝世界，柯蕾特就作为“神子”展开世界再生的旅行。
